Este script me funcionó muy bien para una Web Application que por motivos de reorganización interna se debió renombrar, básicamente lo que hace es buscar una SPWebApplication en base al nombre antiguo y luego realizar el cambio de la propiedad Name. Si bien es muy sencillo y también se puede realizar desde la Administración Central, no deja de ser importante realizar el cambio a través de PowerShell en los casos en que las actualizaciones entre entornos distintos son realizados por diferentes personas. Bueno, espero que les sea de utilidad, funciona tambien en 2010, aquí se los dejo:


#Renombrar Web App
$WebApp = SPWebApplication | where {$_.Name -match "Antiguo Nombre de la Aplicacion"}
$WebApp.Name ="Nuevo Nombre de la Aplicacion"
$WebApp.Update()
#Este comando que sigue es solo para verificar que se actualizó correctamente
Get-SPWebApplication | where {$_.Name -match "Nuevo Nombre de la Aplicacion"}


Luego les posteo como hacer esto mismo para la Application Pool.

Saludos.